مهندس عبدالباقی، نقل می کند:

هفت، هشت روز مانده به رحلت علامه، ایشان هیچ جوابی به هیچ کس نمی داد و سخن نمی گفت فقط زیر لب زمزمه می کرد « لا اله الا الله! »

حالات مرحوم علامه در اواخر عمر دگرگون شده و مراقبه ایشان شدید شده بود و کمتر تناول می کردند، و مانند استاد خود، مرحوم آیة الله قاضی این بیت حافظ را می خواندند و یک ساعت می گریستند

کاروان رفت و تو در خواب و بیابان در پیش             کی روی؟ ره زکه پرسی؟ چه کنی؟ چون باشی؟

همان روزهای آخر، کسی از ایشان پرسید: در چه مقامی هستید؟ فرموده بودند: مقام تکلم

سائل ادامه داد: با چه کسی؟ فرموده بودند: با حق

حجت الاسلام ابوالقاسم مرندی می گوید:

« یک ماه به رحلتشان مانده بود که برای عیادتشان به بیمارستان رفتم. گویا آن روز کسی به دیدارشان نیامده بود. مدتی در اتاق ایستادم که ناگهان پس از چند روز چشمانشان را گشودند و نظری به من انداختند.

به مزاح [ از آن جا که ایشان خیلی با دیوان حافظ دمخور بودند ] عرض کردم: آقا از اشعار حافظ چیزی در نظر دارید؟ فرمودند:

صلاح کار کجا و من خراب کجا؟ بقیه اش را بخوان!

گفتم: ببین تفاوت ره از کجاست تا به کجا

علامه تکرار کردند: تا به کجا! و باز چشم خود را بستند و دیگر سخنی به میان نیامد

آخرین باری که حالشان بد شد و راهی بیمارستان شده بودند، به همسر خود گفتند:

من دیگر بر نمی گردم

آیت الله کشمیری می فرمودند:

« شب وفات علامه طباطبائی در خواب دیدم که حضرت امام رضا علیه السلام در گذشته اند و ایشان را تشییع جنازه می کنند. صبح، خواب خود را چنین تعبیر کردم که یکی از بزرگان [ و عالمان] از دنیا خواهد رفت؛ و در پی آن، خبر آوردند که آیت الله طباطبائی درگذشت »

ایشان در روز سوم ماه شعبان 1401 هـ.ق به محضر ثامن الحجج علیه السلام مشرف شدند و 22 روز در آنجا اقامت نمودند، و بعد به جهت مناسب نبودن حالشان او را به تهران آورده و بستری کردند، ولی دیگر شدت کسالت طوری بود، که درمان بیمارستانی نیز نتیجه ای نداشت.

تا بالاخره به شهر مقدس قم که محل سکونت ایشان بود برگشتند و در منزلشان بستری شدند وغیر از خواص، از شاگردان کسی را به ملاقات نپذیرفتند، حال ایشان روز به روز سخت تر می شد، تا اینکه ایشان را در قم، به بیمارستان انتقال دادند.

قریب یک هفته در بیمارستان بستری می شوند و دو روز آخر کاملاً بیهوش بودند تا در صبح یکشنبه 18 ماه محرم الحرام 1402 هـ.ق سه ساعت به ظهر مانده به سرای ابدی انتقال و لباس کهنه تن را خلع و به حیات جاودانی مخلع می گردند و برای اطلاع و شرکت بزرگان از سایر شهرستانها، مراسم تدفین به روز بعد موکول می شود و جنازه ایشان را در 19 محرم الحرام دو ساعت به ظهر مانده از مسجد حضرت امام حسن مجنبی علیه السلام تا صحن مطهر حضرت معصومه علیها السلام تشییع می کنند و آیت الله حاج سید محمد رضا گلپایگانی(ره) بر ایشان نماز می گذارند و در بالا سر قبر حضرت معصومه علیها السلام دفن می کنند.